Einführung in Galaxy, die Open-Source-Plattform zur FAIRen Datenanalyse - HeFDI Data School
HeFDI Data School - Fokusmodul
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Ein Einstieg in gutes Forschungsdatenmanagement (FDM) ist schwer - aber was, wenn FDM ein “Nebenprodukt” der Analyse wird und für Forschende die Einstiegshürde sowohl in digitale Analysen als auch faires FDM gesenkt wird? Dann ist vielleicht die Open-Source-Plattform Galaxy im Spiel.
In diesem Workshop wird Galaxy (https://usegalaxy.eu/) für die wissenschaftliche Forschung vorgestellt, die Teilnehmer*innen mit der Plattform vertraut gemacht und eine Beispielanalyse mit ihnen umgesetzt, sodass diese danach selbstständig mit dieser arbeiten können.
Galaxy funktioniert nach dem Baukastenprinzip, sodass die einzelnen Programme (in Galaxy “Tools” genannt) nach jeweiligen Bedarf für die Analyse miteinander kombiniert werden können. Basierend auf den Tools erstellen wir Schritt für Schritt mit Galaxy einen reproduzierbaren Workflow.
Alle (Teil-)Ergebnisse der Analyse sind teilbar, können bei Bedarf direkt aus Galaxy heraus auf Invenio-basierten Plattformen (wie Zenodo) beispielsweise als RO-Crate gespeichert und veröffentlicht werden. Für Projekte, in denen die zu untersuchenden Texte und Medien proprietär sind, können die einzelnen Analyseschritte als Workflow geteilt werden, sodass die Analyse auch ohne Teilen der Daten nachvollziehbar ist. Forschende erhalten so Einblick in das, was bei digitalen Analysen oft als „Black Box“ gilt.
Durch das Galaxy Training Network können aus den entstandenen Analysen und Workflows eigene Trainings in Form von Open Educational Resources (OER) erstellt und öffentlich geteilt werden, sodass sie sowohl zum individuellen Lernen als auch zur Weiternutzung in der Lehre zur Verfügung stehen und langfristig verfügbar sind. So unterstützt Galaxy Forschende beim Einstieg in digitale Analysen und FAIRes Forschungsdatenmanagement. Alles aus dem Browser heraus.
Kursinhalte
- Vorstellung der Datenanalyseplattform Galaxy
- Was ist das Galaxy Training Network und wie kann ich es nutzen?
- Erste Schritte in Galaxy
Lernziele
- Sie lernen die Möglichkeiten der Datenanalyseplattform Galaxy kennen.
- Sie nutzen das Galaxy Training Network, um ihre erste Analyse in Galaxy umzusetzen.
- Nach der Einführung können Sie Galaxy selbstständig für ihre Forschung nutzen, kennen die gängigen Begriffe und wissen, wo Sie Hilfe bekommen können.
Referentin
Daniela Schneider, Galaxy Europe / Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Organisatorisches, Informationen und Anmeldung: https://dataschool.hefdi.de/module/galaxy-europe/
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Event location:
Online
Event Organizer:
Universitätsbibliothek, Forschungsdaten-Service, HeFDI
Contact:
Dr. Sabrina Jordan
Universitätsbibliothek
Abt. III, Forschungsnahe Dienstleistungen
Referentin im Forschungsdaten-Service
804-4371
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